Pokémon Sun en Pokémon Moon spelen zich af in de regio Alola die centraal gelegen is te midden van vier tropische eilanden en een kunstmatig aangelegd eiland. Veel Pokémon die nog niet eerder gezien zijn, bevolken de weelderige eilanden van de Alola-regio. Het verhaal begint direct nadat de hoofdpersoon op weg gaat naar de Alola-regio. Spelers kunnen kiezen of ze als mannelijke of vrouwelijke held willen spelen en kunnen de naam en verschijning van hun personage aanpassen. Zodra ze aangekomen zijn, ontwikkelen zich hun avonturen en ontmoeten zij vele fascinerende mensen op hun tocht door de regio.

De Pokédex is een handige tool die informatie opslaat over de Pokémon die spelers zien en vangen tijdens hun avontuur. In Pokémon Sun en Pokémon Moon biedt professor Kukui een speciale Pokédex aan die bekend is als de Rotom Pokédex. Het wordt bewoond door Rotom, een Pokémon die de kracht heeft om in diverse elektronische apparaten te huizen. De Rotom Pokédex doet nog veel meer dan alleen maar Pokémon-informatie op te slaan. Hij heeft een eigen persoonlijkheid. Niet alleen worden de huidige locatie en de volgende bestemming van de speler getoond, Rotom Pokédex adviseert ook waar je nog naartoe moet, gebaseerd op de gesprekken die spelers met andere personages hebben.

In Pokémon Sun en Pokémon Moon zit een QR-scannerfunctie waarmee spelers informatie kunnen zien over Pokémon als ze QR Code-afbeeldingen scannen. Door speciale QR Code-afbeeldingen te scannen kunnen fans Pokémon van de regio Alola registreren in hun Pokédex en zodoende te weten komen waar ze leven. Als ze de QR Code scannen voor een Pokémon die nog niet gevangen is, kunnen spelers zijn leefomgeving controleren en doorzoeken.