In Springdale schuilen mysterieuze krachten achter alledaagse problemen. De ene persoon heeft altijd honger, een ander geeft te veel geld uit, weer een ander zegt per ongeluk iets gemeens – hoogstwaarschijnlijk zitten de ondeugende Yo-Kai achter dit soort veel voorkomende problemen. 

Yo-Kai zijn charmante, grappige, merkwaardige wezens die je overal kunt tegenkomen, ook al leven ze in hun eigen, geheime wereld en hebben ze de gewoonte allerlei vreemde problemen voor mensen te veroorzaken – vaak met hilarische gevolgen. Om de stad te beschermen moeten spelers met zo veel mogelijk Yo-Kai vriendschap sluiten. Met een beetje geluk en goede tactieken worden het behulpzame vrienden, al hebben veel Yo-Kai ook hun eigen problemen die opgelost moeten worden. Zo is daar een Yo-Kai genaamd Jibanya, een zwerfkat die graag met vrachtwagens vecht om indruk op zijn voormalige baasje te maken, of Komasan, een zachtaardige Yo-Kai die hulp nodig heeft om zijn verloren broer te vinden. Als nieuwe bezitter van de krachtige Yo-Kai Watch, een horloge met een lens die verborgen Yo-Kai zichtbaar maakt, moeten spelers de mysteries van de Yo-Kai oplossen om tot de kern van de problemen door te dringen en Springdale te beschermen.

Naast het hoofdverhaal, zijn door heel Springdale honderden aanvullende missies verspreid. Het verkennen van de stad en vinden van deze missies is allemaal onderdeel van de fun: Springdale is een uitgestrekte stad met tal van winkels, parken, een bos en nog meer geheime locaties om te ontdekken. Door deze aanvullende missies te voltooien, kunnen spelers hun Yo-Kai steeds sterker maken en nieuwe Yo-Kai vinden en rekruteren! Het is ook mogelijk om Yo-Kai te combineren met Yo-Kai Fusion om nieuwe, unieke en krachtige leden aan je team toe te voegen – sommige ervan kun je alleen op deze manier in bezit krijgen.

Om gevechten te winnen heb je meer nodig dan een sterk team Yo-Kai, je moet ook slim zijn en strategisch denken. Met name de krachtige Yo-Kai-eindbazen maken het zelfs de beste Yo-Kai Watch spelers moeilijk. Alle Yo-Kai hebben hun eigen unieke vaardigheden, genaamd Soultimate Moves, die het tij van de strijd snel kunnen keren. Spelers moeten hun team op het touchscreen van de Nintendo 3DS zorgvuldig beheren en de Yo-Kai tijdens gevechten op de juiste momenten inzetten, net als hun Soultimate Moves en herstellende voorwerpen. Vrienden kunnen via draadloze communicatie ook hun beste Yo-Kai-teams tegen elkaar laten strijden.