Het verhaal van Yoshi s New Island gaat verder waar dat van de Super Nintendo-titel Super Mario World 2 -Yoshi s Island ophield, en verplaatst de platformactie naar een nieuwe locatie, Egg Island. In dit nieuwe deel in de Yoshi-serie is Baby Mario opnieuw ontvoerd. Aan de verschillend gekleurde Yoshi s de taak om Baby Mario te beschermen en de twee broers weer bij elkaar te brengen.

Yoshi's oude vertrouwde fladdersprong, stampsprong en eierworpen zijn weer terug, naast nieuwe krachten en uitdagingen die gebruik maken van de onderdelen van Nintendo 3DS. Gebruik reusachtige eieren die Mega-Eggs heten, om blokken en pijpen te vernietigen en geheimen te onthullen. Hoe meer je vernielt, hoe meer de Mega-Egg-meter gevuld wordt, wat je extra levens oplevert!