In een overhaaste proloog legt Sonic aan de kijker uit dat hij zijn paradijselijke thuiswereld heeft moeten ontvluchten omdat kwaadwillenden op zijn superkrachten uit waren. De antropomorfe, stekelige stuiterbal raast daarom nu al jaren - eenzaam en alleen - rond in een aards stadje. Wanneer hij uit frustratie een sprintje trekt, legt hij per ongeluk de stroomvoorziening van half Amerika plat. Daardoor komt hij op de radar van de overheid te staan, die de knettergekke wetenschapper dr. Robotnik inhuurt om de snelheidsduivel te vangen. Samen met politiesheriff Tom probeert Sonic Robotnik en zijn dodelijke drones te stoppen.